Justamente, la misión de salvar las almas de los pobladores originarios fue impuesta por el papa Alejandro VI, quien no solo se aseguraba aumentar de manera exponencial el número de fieles, sino incrementar sustantivamente los ingresos de la institución, a través del cobro del diezmo o impuesto a la fe.

Los nativos, por su parte, idearon creativas formas para mantener su antigua creencia religiosa sin ser sancionados, como por ejemplo apelando a los sincretismos: síntesis entre las religiones antiguas y la de los conquistadores. Si bien los Reyes Católicos prohibieron la esclavitud de los nativos americanos en 1495, autorizaron en cambio la aplicación de diversos sistemas de trabajo servil para explotar gratuitamente su mano de obra, como la mita, el yanaconazgo y la encomienda. La mita hispánica fue una adaptación de su similar incaico, que disponía que los ayllus, o comunidades, enviaran a la séptima parte de los varones mayores de 14 años a trabajar gratuitamente durante un año en el cerro del Potosí, de manera rotativa.

En la práctica, la presión de los empresarios mineros y del estado español para incrementar la producción exigió frecuentemente el incremento de la cuota de trabajadores, con consecuencias gravísimas sobre la demografía nativa, debido a los estragos causados por las terribles condiciones de explotación, y las consecuencias sobre la producción de alimentos para la subsistencia de las comunidades, ya que casi no quedaban trabajadores disponibles para encargarse de esa tarea. La encomienda, en tanto, era una institución por la cual el encomendero español obtenía prestaciones personales gratuitas de los nativos que estaban radicados en las tierras que recibía por concesión real, a cambio –en teoría– de brindarles protección y de evangelizarlos. Sin embargo, la sobreexplotación de los trabajadores o el maltrato dispensado provocaron una drástica reducción de la mano de obra nativa.

Si bien el sistema tuvo cierto éxito en la zona de la Puna, ya que allí la densidad de población era mayor y los nativos tenían hábitos sedentarios y disciplinados, no sucedió lo mismo en la quebrada de Humahuaca o los valles Calchaquíes, donde las comunidades encabezaron alzamientos y consiguieron mantener sus tierras, hasta que fueron totalmente exterminadas. El sistema tampoco funcionó en el litoral, donde habitaban pueblos nómades y se intentó implementar la relocalización de pueblos para lograr la mano de obra deseada.

En La Rioja y en Tucumán también perduraron los denominados pueblos de indios, a diferencia de Córdoba, donde se diluyeron con gran rapidez. El yanaconazgo también fue una deformación de una institución incaica. Los yanas eran separados de su comunidad, en virtud de lo cual perdían todos sus derechos colectivos, para dedicar su vida al servicio del inca, desempeñando funciones diversas, desde agricultores hasta gobernadores. Por el contrario, los españoles asociaron el yanaconazgo con la servidumbre impuesta a los pueblos nativos ya fuese bajo la forma de encomienda, tareas domésticas o prestación de servicios auxiliares en las formaciones militares. Era habitual la reubicación de estos pueblos en fortines y reducciones, separados de las ciudades donde vivían los españoles.

El aislamiento de su espacio territorial tradicional y la supresión de su movilidad se sumaban a la prohibición de ejercicio de su propia religión y la imposición de la denominación de indios (aunque no fueran originarios de la India) o aborígenes (ab origen: sin origen). Los abusos practicados desde un primer momento en el marco de estas instituciones de sumisión, sumados a la bula de Paulo III de 1548 mediante la cual se aprobó el derecho a tener esclavos, favorecieron su importación desde África, sobre todo para aplicarlos a las áreas atlánticas del Imperio. Justamente en esos territorios se difundió el modelo esclavista de la plantación. En la zona andina, en cambio, los esclavos africanos no resistieron la altura, por lo que fueron descartados rápidamente. La consolidación de las estructuras agrarias regionales tuvo como actor decisivo a los jesuitas, compañía religiosa favorecida por la Corona. Habitaron Mendoza, Córdoba y Buenos Aires durante el siglo XVII y llegaron a Catamarca un siglo después, hasta su expulsión en 1767.

En el siglo XVIII, las treinta misiones existentes llegaron a constituir una especie de estado dentro del estado, que estableció un sistema de organización económica y social diferenciado y articulado. Las misiones eran pueblos de nativos, que ellos administraban bajo la mirada inquisidora de los sacerdotes, que no dudaban en aplicar castigos físicos confines disciplinarios. La tierra se dividía en dos segmentos: la propiedad de Dios, explotada en forma comunitaria, y las explotaciones familiares. El excedente se comercializaba al interior del mundo colonial, pero también con el Brasil, e incluso con España. De ahí obtenían los fondos para sostener sus colegios y universidades, como los que administraban en Córdoba, su centro regional. Los productos que se comercializaban eran la yerba mate, el tabaco, los textiles y el cuero. Junto con las estrictas formación y práctica religiosas, los jesuitas instruyeron a los nativos en el arte, las artesanías y la confección e interpretación de instrumentos.

En la zona de Las Misiones, los bandeirantes brasileños asediaban a los nativos para cazarlos y venderlos como esclavos en San Pablo. Esta situación motivó a los jesuitas a organizar a los guaraníes en formaciones militares e instruirlos en el manejo de armas de fuego de escaso poderío. Estos ejércitos jugaron un papel significativo en la defensa del Paraguay y del Río de la Plata ante las acciones expansivas de los portugueses durante la etapa colonial. El sistema de explotación de los pueblos originarios de América se impuso aplicando la violencia, la colonización mental y el adoctrinamiento religioso. Sin embargo, en muchas oportunidades estos pueblos se resistieron valerosamente a ser sometidos. Como sucedió con las tribus pampeanas, patagónicas y chaqueñas, que consiguieron frenar el avance español y mantuvieron su libertad e independencia durante todo el período.

En otros casos, los resultados fueron mucho menos satisfactorios. Tal es el caso de la resistencia que opusieron al dominio español los diaguitas que habitaban los valles Calchaquíes, ubicados en las actuales provincias de Salta, Catamarca y Tucumán. Las Guerras Calchaquíes, extremadamente cruentas, se extendieron entre 1560 y 1667. En 1665, después de más de un siglo de resistencia, la derrota de una de las principales parcialidades de la etnia de los diaguitas, los quilmes, definió el destino de la lucha. Los españoles implementaron una terrible venganza, imponiéndoles su reubicación a orillas del Río de la Plata, en la reducción de Santa Cruz, lo que implicó su traslado en condiciones inhumanas a través de 1.200 kilómetros. Muchas de sus mujeres prefirieron arrojarse al vacío con sus criaturas en brazos antes de verse sometidas. Para 1812, el gobierno patrio los declaró “pueblo libre”, aunque para entonces quedaban ya pocos sobrevivientes.

La guerra terminó el 2 de enero de 1667, cuando fueron vencidas las últimas minorías diaguitas, a las que se redujo a la servidumbre y se envió a realizar tareas forzadas al cerro de Potosí. Para entonces, de los 415 o 455 mil habitantes que tenían esas comunidades originalmente, según consignaban las fuentes hispánicas, quedaban con vida apenas 20 mil. La situación se reiteraba por toda América. Por ejemplo, el cronista español Gonzalo Fernández de Oviedo, consignaba sin conmoverse que en la isla La Española, donde había desembarcado Cristóbal Colón, había en 1492 “un millón de indios e indias de todas las edades –para luego agregar– (…) no se cree que haya al presente, en este año 1548, quinientas personas (…) que sean naturales”.

El resultado de la acción asociada entre la espada y la cruz era en todas partes el mismo: el genocidio. La represión de los indígenas de los valles Calchaquíes, la entrega de los sobrevivientes como siervos para trabajar en las minas del Potosí, el proceso de mestizaje y la gran aculturación hicieron que las encomiendas que habían proliferado en el Tucumán fueran reemplazadas por un campesinado relativamente libre.